Погашение кредита производится путем перечисления денежных средств хозоргана с расчетного на ссудный счет по мере отнесения расходов будущих периодов на себестоимость товарной продукции. Календарные сроки списания задолженности, фиксируемые в срочном обязательстве, приурочиваются к первому числу месяца, т. е. к дате проверки обеспечения ссуд товарно-материальными ценностями. Данный порядок обеспечивает комплексный учет потребности объединений и предприятий в заемных оборотных средствах.

Помимо этого кредита в соответствии с постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 12 июля 1979 г. Госбанку предоставлено право выдавать кредиты на временный разрыв поступления и расходования средств ЕФРНТ, возникающий при досрочном выполнении работ, финансируемых из данного фонда. Ссуды на покрытие такого разрыва предоставляются только в том случае, если в течение года предусмотрено плановое сбалансирование поступления и расходования денежных средств. Источником погашения банковских ссуд служат средства фонда, образующиеся в период превышения поступления денежных средств над их расходом.